Delovne skupine skrbijo za razvoj in obnavljanje medicinske doktrine, pripravo standardov in nadzor nad izvajanjem sprejetih standardov, iniciacijo in vodenje multicentričnih kliničnih raziskav in znanstveno raziskovalnih projektov ter pripravo tematskih programov za srečanje pnevmologov na slovenskih ali mednarodnih srečanjih.

Vsak član združenja se lahko pridruži delu katerekoli delovne skupine ali pa predlaga ustanovitev nove delovne skupine.